Unterricht in Vertiefungsfächern wird in der Regel in Deutsch, Mathematik und den Fremdsprachen angeboten und dient der individuellen Förderung. Der Unterricht setzt an dem individuellen Leistungsstand der Schülerinnen und Schüler an und fördert sie auf allen Leistungsniveaus. Vertiefungsfächer werden zweistündig unterrichtet und können im halbjährigen Wechsel belegt werden. In der Einführungsphase können je Halbjahr bis zu zwei Vertiefungsfächer gewählt werden; in den zwei Jahren der Qualifikationsphase ist eine Belegung von insgesamt zwei Halbjahreskursen möglich.
Anstelle von Leistungsnoten erhalten die Schülerinnen und Schüler in geeigneter Form im Verlauf des Unterrichts in den Vertiefungsfächern Rückmeldungen über den jeweils erreichten individuellen Lernfortschritt. Unterricht in den Vertiefungsfächern wird zwar auf die
verpflichtend zu belegende Wochenstundenzahl angerechnet, kann jedoch nicht im Rahmen der Gesamtqualifikation in die Abiturnote einfließen.

Projektkurse werden in der Qualifikationsphase zur freien Wahl angeboten. Sie sind zwei- oder dreistündig und müssen in zwei aufeinanderfolgenden Halbjahren belegt werden: Q1I und Q1II oder Q1II und Q2I oder Q2I und Q2II. Aufgrund der verkürzten Halbjahre in der Q2 bieten viele Schulen nur die Möglichkeit Q1I und Q1II an.
Sie sind in ihrem fachlichen Schwerpunkt an die in der Qualifikationsphase unterrichteten Fächer (Referenzfächer) angebunden. Ein Projektkurs "Bionik" würde z.B. an das Referenzfach Biologie angebunden. Die Abschlussnote umfasst die Leistungen in beiden Halbjahren und fließt bei der Berechnung der Gesamtqualifikation deshalb in doppelter Wertung in die Abiturnote ein. Die Einbringung nur eines Halbjahres ist nicht möglich. Projektkurse können zur Vorbereitung und Ausarbeitung einer besonderen Lernleistung genutzt werden und auf diesem Wege in das Abitur eingebracht werden. Es gelten die Regelungen der besonderen Lernleistung. Voraussetzung für die Teilnahme an einem Projektkurs ist die parallele oder vorausgehende Teilnahme am Unterricht in einem der Referenzfächer (Grund- oder Leistungskurs) in zwei Halbjahren der Qualifikationsphase.